常規(guī)smallRNA 10M

服務(wù)介紹：

miRNA（micro RNA，微小RNA/微RNA）：是廣泛存在于真核生物中的一類內(nèi)源的、長度約為20~25個核苷酸的非編碼RNA，其通過與靶RNA特異性結(jié)合導(dǎo)致靶RNA翻譯抑制或降解，從而調(diào)控蛋白的翻譯過程。

實驗流程：

樣本準備-RNA抽提與質(zhì)檢-文庫構(gòu)建-上機測序

送樣運輸要求：

樣本要求：

1）樣品類型：細胞、新鮮組織或RNA樣品。

2）樣品的量：新鮮組織 ≥300mg, 細胞樣品≥1×107個,  RNA樣品需提供10μg以上的總RNA

3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

4）樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。

5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。 

相關(guān)問題：

1. 小RNA（small RNA）的種類有哪些？

Small RNA包括三類，microRNA（miRNA）、small interfering RNA（siRNA）和piRNA。

miRNA：長度為20-24個核苷酸的小RNA，是發(fā)夾結(jié)構(gòu)約70-90個核苷酸的前體RNA經(jīng)Dicer酶加工后形成。miRNA主要是通過和AGO蛋白結(jié)合，通過堿基互補配對的方式和mRNA結(jié)合，通過剪切mRNA ORF區(qū)域或結(jié)合在UTR區(qū)對mRNA翻譯過程進行抑制，從而調(diào)控生物體內(nèi)蛋白的合成。

siRNA：20-25個核苷酸的雙股RNA，參與RNA干擾。

piRNA：與piwi蛋白相互作用的RNA，長度大約26-31個核苷酸。主要存在于哺乳動物的生殖細胞和干細胞，通過與piwi亞家族蛋白結(jié)合形成piRNA復(fù)合物（piRC）來調(diào)控基因沉默途徑。

2. Small RNA測序，樣本有什么要求？

樣品類型：細胞、新鮮組織、血液RNA樣品。

樣品量：細胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。

樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。

3. 做miRNA預(yù)測，若樣本是血清血漿，一般需要多少樣本量？

賽維爾可做血清血漿miRNA預(yù)測，但是由于不同樣本差異較大，如果提取的RNA量太少，不能保證后續(xù)測序可以進行。提取一次RNA需要血清500uL，一般需要客戶提供2mL的血清樣本，血清和血漿需要客戶自己分離。

4. 若客戶提供RNA做miRNA預(yù)測，樣本量和濃度有什么要求？

樣本要求：OD值260/280：1.8~2.0；濃度：100ng/uL左右；總量：2ug左右。

5. smallRNA的 測序模式？

測序模式是1×50，5~10M reads/sample。

6. miRNA的主要分析內(nèi)容有那些？新miRNA預(yù)測需要參考基因組嗎？

原始測序結(jié)果分析、序列比對、新miRNA預(yù)測、miRNA差異表達分析、差異miRNA靶標基因預(yù)測，差異靶標基因GO和KEGG功能分析，Disease注釋功能分析，Reactome通路分析，蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)圖，miRNA家族分析，miRNA 突變檢測。新miRNA預(yù)測需要參考基因組。